生物工程专业于1999年创建，是湖南省最早招生的生物工程专业。生物工程专业现有教职员工33人，其中60%具有海外留学背景，97%具有博士学位，包括教授15人，副教授16人。生物工程专业教师队伍中现有院士1人，国家杰出青年基金获得者1人，芙蓉学者特聘教授1人，升华学者特聘教授2人，教育部新世纪优秀人才支持计划4人。本专业现拥有生物工程硕士、博士点，生物工程博士后流动站。生物工程专业于2006年被确定为中南大学校重点本科专业，2012年生物工程学科被评为湖南省重点学科。在2016年最新的学科专业排名中，中南大学生物工程本科专业在全国239个同类专业中列第16位（专业评级为A），2017年双一流学科排名B+。2019年入选湖南省“一流专业”序列并通过教育部工程专业认证初评。基于生物工程专业现建有国际生物冶金协会总部、生物冶金教育部重点实验室、湖南省矿冶生物工程研究中心等重要科研平台。经过约20年的发展，通过多学科交叉融合，生物工程专业形成了以生物冶金、生物制造、生物环境为特色的专业培养体系。同时，制订了具有紧密性、综合性、灵活性、创新性的人才培养方案，构建了以校企联合为特色的教科产结合人才培养模式。生物工程专业办学条件一流，拥有16个实验室功能区，3个中试基地，仪器设备约5000万元，还拥有浏阳国家生物医药园、湖北东阳光药业集团等省级优秀实习基地等多家校外基地。生物工程专业的毕业生主要分布在国内外大型科研院所、企事业单位、跨国公司和知名民企等企业。